Einführung der Reformation
Graf Joachim war eine der interessantesten Persönlichkeiten seines Geschlechtes wie überhaupt jener Zeit. Akademisch gebildet und welterfahren, von tiefer Religiosität erfüllt, hatte er sich 1557 der Lehre Martin Luthers zugewendet, die damals auch sonst in Bayern in allen Schichten der Bevölkerung im Vordringen war. Auf dem Ingolstädter Landtag 1563 erklärte er sich offen als Anhänger der neuen Lehre und war einer der Wortführer für die Zulassung der Augsburger Konfession im Herzogtum Bayern. Herzog Albrecht V. sah in Graf Joachim nicht nur einen Vorkämpfer des evangelischen Glaubens, sondern ebenso den des Widerstandes der Landstände, insbesondere der Adeligen, gegen das von ihm vertretene zentralistische Landesfürstentum. Zudem war seit 1548 beim kaiserlichen Kammergericht in Speyer ein Verfahren wegen der Reichsstandschaft bzw. der Steuerpflicht der Grafen zu Ortenburg anhängig. Es war die Fortsetzung eines schon seit 1521 schwebenden Streites mit den bayerischen Herzögen, da von diesen mit Nachdruck die Reichsstandschaft bestritten wurde, mit der Begründung auf die aus den Lehensgütern in Bayern sich ergebenden Landstandschaft. So kam es zu einer unheilvollen Verquickung politischer und religiöser Grundsatzfragen, zu einem langen Ringen des Grafen Joachim mit Herzog Albrecht V. und dessen Nachfolger Wilhelm V., das die Existenz der gräflichen Familie, der Grafschaft und des Marktes Ortenburg ernstlich bedrohte. Als die evangelischen Fürsten auf dem Ingolstädter Landtag 1563 bezüglich der Freigabe der Augsburger Konfession in Bayern eine Abstimmungsniederlage erlitten, entschloss sich Graf Joachim im gleichen Jahr, gemäß dem Augsburger Religionsfrieden von 1555, in seinem reichsunmittelbaren Territorium die Reformation einzuführen. So fand am 03. Oktober 1563 der erste evangelische Gottesdienst in der Kapelle auf Schloss Neu-Ortenburg, und am 17. Oktober der erste öffentliche Gottesdienst in der Marktkirche in Ortenburg in Anwesenheit aller Mitglieder der gräflichen Familie statt. In einem Edikt vom 25. Oktober 1563, das zwei Tage später in einer Versammlung öffentlich verkündet wurde, wies der Graf ausdrücklich daraufhin, das sich die Einführung der Reformation nur auf das Territorium der Grafschaft beschränke, und die in Bayern liegenden Güter und Untertanen davon ausgeschlossen sind. Diesen Schritt Graf Joachims wollte der Herzog nicht hinnehmen, da er befürchtete, daß mit der Reformation auch politische Veränderungen eintreten konnten. Unter bewusster Missachtung der Reichsunmittelbarkeit und Betonung der Landstandschaft, wurde Graf Joachim zunächst zur Verantwortung an den Münchner Hof zitiert. Die von ihm befürchtete Verhaftung traf aber nicht ein. Wegen des immer größer werdenden Zulaufs zu den evangelischen Gottesdiensten, auch aus bayerischem Gebiet, befahl der Herzog, mit bewaffneter Macht diesen Zulauf zu unterbinden.
Während der Abwesenheit des Grafen, jedoch gestützt auf die alten Öffnungsrechte, lies der Herzog unter Gewaltandrohung die beiden Burgen Alt- und Neu-Ortenburg besetzen. Da dies der neuen Lehre und ihrer Ausstrahlung auf das bayerische Umland keine Abbruch tat, lies der Herzog im Februar 1564 die beiden evangelischen Prädikanten widerrechtlich festnehmen und außer Landes bringen. Selbst der Verlust aller in Bayern liegender Lehen änderte nichts an Graf Joachims Haltung. Erst als der Kaiser und einige Reichsfürsten vermittelnd eingriffen, kam es 1565 zu einem gewissen Ausgleich zwischen dem Grafen und dem Herzog. Als endlich das Reichskammergericht nach zehnjähriger Dauer am 4. März 1573 die Reichsunmittelbarkeit der Grafen zu Ortenburg bestätigte, konnte Joachim völlig ungehindert die restlose Durchführung der Reformation in seiner Grafschaft in Angriff nehmen. Erneut wurden nun alle Graf Joachim gehörenden Güter in Bayern auf Befehl des Herzogs eingezogen. Klagen Joachims beim Reichskammergericht gegen dieses Vorgehen und diverse andere Übergriffe des Herzogs Wilhelm V. und seiner Beauftragten brachten bei der schleppenden Arbeitsweise dieses Gerichtes praktisch nichts ein.